บึงบอระเพ็ดประสบปัญหาความเสื่อมโทรมของสภาพแวดล้อม และทรัพยากรทางธรรมชาติของบึง ทำให้สัตว์น้ำและพืชน้ำบางชนิดสูญพันธ์ คุณภาพน้ำและระบบนิเวศทางน้ำเสื่อมโทรม การลักลอบจับสัตว์น้ำ/นกน้ำ และการตัดไม้ทำลายป่า ทำให้สภาพแวดล้อมเสียหาย ไม่สามารถดึงดูดนักท่องเที่ยวได้การตื้นเขินของบึงบอระเพ็ด เนื่องจากลักษณะภูมิประเทศเป็นที่ราบลุ่ม ทำให้ตะกอนตกสะสมมากซึ่งปัจจุบันคงเหลือพื้นที่ผิวน้ำเพียง 39,050 ไร่ในฤดูแล้ง อีกทั้งยังประสบปัญหาน้ำท่วมขังพื้นที่เพาะปลูกและชุมชนบริเวณโดยรอบบึงในช่วงฤดูน้ำหลาก การขาดแคลนน้ำเพื่อการอุปโภคบริโภคและการเกษตรรวมถึงปัญหาด้านการจัดการ ได้แก่ การบุกรุกพื้นที่ในเขตบึงบอระเด็ด การขาดข้อมูลที่จำเป็นที่จะใช้ในการบริหารจัดการ การขาดเอกภาพในการบริหารจัดการที่ชัดเจน และความไม่สอดคล้องระหว่างการฟื้นฟู อนุรักษ์ และพัฒนา รวมทั้งปัญหาความขัดแย้งที่เกิดจากการที่เจ้าหน้าที่ภาครัฐบังคับใช้กฎหมายต่าง