การบริหารจัดการบึงบอระเพ็ดบริเวณหัวงานโครงการ ปัจจุบันบริหารจัดการโดยควบคุมระดับน้ำ ในบึงบอระเพ็ดที่ระดับเก็บกัก +24.000 ม.รทก. โดยระดับสันฝายจะเป็นระดับควบคุมที่ +24.00 ม.รทก. โดยมีประตูระบายน้ำเป็นเครื่องมืออีกอย่างหนึ่งเพื่อช่วยควบคุมระดับเก็บกักที่ +24.00 ม.รทก. โดยกรณีเมื่อระดับน้ำในบึงบอระเพ็ดสูงกว่าระดับ +24.00 ม.รทก. ไม่มากนัก ก็จะทำการปิดบานประตูโดยปล่อยให้ถ้าล้นข้ามสันฝายเพียงช่องทางเดียว แต่ถ้าระดับถ้าสูงกว่าค่าระดับ +24.00 ม.รทก.มาก ก็จะเปิดประตูระบายน้ำช่วย เร่งการระบายน้ำออกจากบึงบอระเพ็ดอีกช่องทางหนึ่ง เพื่อช่วยเร่งระบาย น้ำที่สูงกว่าระดับ +24.00 ม.รทก. ออกจากบึงบอระเพ็ดให้เร็วที่สุด เพื่อว่าพื้นที่ที่ถูกน้ำท่วม (ที่ระดับสูงกว่า +24.00 ม.รทก.) จะได้ท่วมเป็นเวลาไม่นานนัก และกรณีที่ระดับน้ำต่ำกว่า +24.00 ม.รทก.ก็จะทำการ ปิดบานประตูตลอดเวลา เพื่อกักเก็บน้ำไว้ในการรักษาระบบนิเวศด้านการประมง จากการตรวจสอบสภาพของฝายน้ำล้นในปัจจุบันยังคงใช้งานได้เป็นอย่างดี แต่สำหรับประตูระบายน้ำปัจจุบันชำรุดบางส่วนเวลาเปิดบานประตูสามารถเปิดบานได้แต่เวลาปิดบานจะปิดได้ไม่สนิททำให้เกิดน้ำรั่วลอดข้างช่องบานและใต้บานที่ชำรุดจำเป็นต้องปรับปรุงให้ใช้งานได้อย่างสมบูรณ์